Grupo de investigación

Grupo de Bioinformática

El grupo de bioinformática se dedica al desarrollo de métodos computacionales eficientes para problemas biológicos y médicos importantes del mundo real. Los proyectos abarcan una amplia gama de temas emocionantes, desde el análisis de datos de secuenciación metagenómica, hasta el análisis de la expresión génica y la metabolómica.

El grupo tiene su sede en el Departamento de Tecnologías Informáticas de la Universidad ITMO y cuenta con el apoyo de JetBrains. El grupo colabora activamente con el laboratorio de Maxim Artyomov de la Universidad de Washington en San Luis y el laboratorio de Dmitry Alexeev del MIPT.

Principales proyectos de investigación

Algoritmos para la metagenómica comparativa

Los proyectos metagenómicos suelen procesar una gran cantidad de datos: hasta varios cientos de gigabytes de datos de secuenciación por proyecto. Para poder analizar eficazmente tales cantidades de datos y realizar un análisis comparativo de estos, se desarrolló un software llamado MetaFast. Este sistema implementa un algoritmo de ensamblaje ligero, algo entre el análisis de espectro k-mer tradicional y el ensamblaje metagenómico completo. El algoritmo permite a MetaFast combinar las ventajas de ambos métodos: alto rendimiento computacional con características extraídas más informativas e interpretables de mejor forma, sin utilizar secuencias de genoma de referencia.

Análisis de bases de datos de expresión génica abierta

Actualmente, hay varias grandes bases de datos, como TCGA y GEO Omnibus, que almacenan los datos de un gran número de experimentos. El análisis de estos experimentos y la identificación de las interrelaciones ocultas es un campo muy prometedor. Como parte del proyecto, se está desarrollando un GeneQuery de servicio web, que permite encontrar experimentos con patrones similares de regulación genética. El uso de los resultados de una búsqueda de este tipo puede conducir al descubrimiento de conexiones no evidentes, que también pueden facilitar la generación de hipótesis.

Métodos computacionales para estudiar la regulación metabólica

Recientemente se ha reconocido el papel de la regulación metabólica como una de las señas de identidad de los sistemas inmunológicos y el cáncer. En este proyecto, se están desarrollando una serie de métodos para analizar la expresión génica y los datos metabolómicos para estudiar dicha regulación. Actualmente, algunos de los métodos están disponibles a través del servicio web GAM para el análisis de red integrador de la expresión génica y los datos de perfiles metabolómicos.

Miembros del grupo

Alexey Sergushichev
Alexey Sergushichev
Responsable del laboratorio/grupo de investigación
Alexander Loboda
Alexander Loboda
Investigador
Konstantin Zaitsev
Konstantin Zaitsev
Investigador
Artem Ivanov
Artem Ivanov
Investigador