Groupe de recherche

Groupe bioinformatique

Le groupe de bioinformatique se consacre au développement de méthodes de calcul efficaces pour d’importants problèmes biologiques et médicaux réels. Les projets couvrent un large éventail de sujets passionnants allant de l’analyse des données de séquençage métagénomique, à l’analyse de l’expression génique et la métabolomique.

Le groupe est basé au département des technologies informatiques de l’Université ITMO et soutenu par JetBrains. Le groupe collabore activement avec le laboratoire de Maxim Artyomov à Washington University à St. Louis et le laboratoire de Dmitry Alexeev au MIPT.

Principaux projets de recherche

Algorithmes de métagénomique comparative

Les projets métagénomique traitent généralement beaucoup de données : jusqu’à plusieurs centaines de gigaoctets de données de séquençage par projet. Pour être en mesure d’analyser efficacement de telles quantités de données et d’effectuer une analyse comparative, un logiciel appelé MetaFast a été développé. Il met en œuvre un algorithme d’assemblage léger qui se situe entre l’analyse traditionnelle du spectre k-mer et l’assemblage métagénomique complet. L’algorithme permet à MetaFast de combiner les avantages des deux méthodes : des performances informatiques élevées avec des fonctionnalités extraites plus informatives et mieux interprétables, le tout sans utiliser de séquences génomiques de référence.

Analyse des bases de données ouvertes sur l’expression des gènes

Actuellement, il existe plusieurs grandes bases de données, telles que TCGA et GEO Omnibus, qui stockent les données d’un grand nombre d’expériences. Analyser ces expériences et trouver des interrelations cachées est un domaine très prometteur. Dans le cadre du projet, un service Web GeneQuery est en cours de développement, qui permet de trouver des expériences avec des modèles similaires de régulation génétique. L’utilisation des résultats d’une telle recherche peut conduire à la découverte de connexions non évidentes, ce qui peut également faciliter la génération d’hypothèses.

Méthodes computationnelles pour étudier la régulation métabolique

Récemment, un rôle de régulation métabolique a été reconnu comme l’une des caractéristiques du système immunitaire et du cancer. Dans le cadre de ce projet, un certain nombre de méthodes sont en cours d’élaboration pour analyser l’expression des gènes et les données métabolomiques afin d’étudier une telle réglementation. Actuellement, certaines des méthodes sont disponibles en tant que service Web GAM pour l’analyse réseau intégrative de l’expression des gènes et des données de profilage métabolomique.

Membres du groupe

Alexey Sergushichev
Alexey Sergushichev
Chef de laboratoire/groupe de recherche
Alexander Loboda
Alexander Loboda
Chercheur
Konstantin Zaitsev
Konstantin Zaitsev
Chercheur
Artem Ivanov
Artem Ivanov
Chercheur