BioLabs

Les objectifs du groupe BioLabs sont de découvrir les mécanismes qui gouvernent la régulation épigénétique chez les humains et les animaux et d'identifier le rôle de ces mécanismes dans la différenciation et le vieillissement des cellules. Nous développons de nouveaux algorithmes et méthodes pour l'analyse des données expérimentales, élaborons des pipelines et des outils informatiques évolutifs et travaillons en collaboration avec des biologistes dans le cadre de diverses études sur le vieillissement.

Projets de recherche

• Changements épigénétiques dans les monocytes humains vieillissants – un projet de recherche conjoint consacré à l'étude du vieillissement sain de l'homme en collaboration avec le laboratoire de Maxim Artyomov à la Washington University à St. Louis. Le groupe crée des pipelines bioinformatiques et développe de nouveaux algorithmes et méthodes pour l'analyse des données épigénétiques.
• Vieillissement du système immunitaire – ce projet étudie le vieillissement du système immunitaire chez les souris et les humains, en appliquant des méthodes mono-cellulaires pour la caractérisation complète du développement des populations cellulaires.
• Analyse longitudinale du vieillissement sain de l'homme – le projet implique l'étude du vieillissement sain de l'homme, visant à trouver les principaux facteurs de vieillissement à partir de données multi-omiques longitudinales.

Outils

• SPAN Peak Analyzer – un identificateur de pic polyvalent semi-supervisé capable de traiter un large éventail d'ensembles de données ChIP-seq, ATAC-seq et ATAC-seq unicellulaires qui gère de manière robuste les réplications multiples et le bruit en exploitant les informations d'annotation manuelle limitées.
• JBR Genome Browser – un navigateur de génome de nouvelle génération, rapide et fiable, avec des capacités améliorées pour l'affichage de grandes sessions, des pics semi-supervisés et des fonctionnalités d'annotation. Il est intégré au SPAN Peak Analyzer.
• SnakeCharm – le plugin de prise en charge du système de gestion de workflow Snakemake pour les IDE de la plateforme IntelliJ ajoute la mise en évidence des éléments de syntaxe, la saisie automatique du code, la vérification du code à la volée et une intégration avancée à l'écosystème Snakemake.
• Pubtrends – un outil d'exploration des publications scientifiques capable d'analyser la structure intellectuelle d'un domaine de recherche ou d'analyses de documents similaires. Nous appliquons la méthode bibliométrique pour les informations de citation et les algorithmes de traitement du langage naturel pour l'analyse de textes. Le service permet aux utilisateurs de trouver les articles les plus cités, d'explorer des sujets, de visualiser des citations et des graphiques de similarité d'articles, et de générer des analyses bibliographiques automatisées.

Code source

Tout le code source est disponible sur GitHub.

Principaux projets :

Liste des participants et de leurs projets.