リサーチグループ

バイオインフォマティクスグループ

バイオインフォマティクスグループは、実世界の重要な生物学的および医学的問題に対する効率的な計算方法の開発に専念しています。 このプロジェクトでは、メタゲノムシーケンシングデータの分析から遺伝子発現解析、メタボロミクスまで、さまざまな刺激的なトピックを取り上げます。

ITMO大学のコンピューター技術学部に拠点を置き、JetBrainsがサポートしています。 グループは、ワシントン大学セントルイス校のMaxim Aryomov研究室とMIPTのDmitry Alexeev研究室と積極的に協力しています。

主なリサーチプロジェクト

公開されている遺伝子発現データベースの分析

メタゲノミクスプロジェクトは、通常、プロジェクトごとに最大数百ギガバイトのシーケンシングデータを扱います。 このような量のデータを効果的に分析し、比較分析を行うために、MetaFastというソフトウェアが開発されました。 従来のk-merスペクトル解析や完全なメタゲノムアセンブリの間にある軽量アセンブリアルゴリズムを実装しています。 このアルゴリズムにより、MetaFastは、高い計算性能と、より有益で解釈しやすい抽出された特徴の両方の利点を組み合わせることができます。

代謝調節の研究における計算手法

現在、TCGAやGEO Omnibusなどの大きなデータベースがいくつかあり、膨大な数の実験データが保存されています。 これらの実験を分析し、解明されていない相互関係を見つけることは非常に有望な分野です。 プロジェクトの一環として、同様の遺伝子調節パターンを持つ実験を見つけることができるウェブサービス「GeneQuery」が開発されています。 このような検索の結果を使用すると、明白な接続の発見につながる可能性があり、仮説の生成を容易にすることができます。

代謝調節の研究における計算手法

最近、免疫システムと癌の特徴の一つとして代謝調節の役割が認識されました。 このプロジェクトでは、遺伝子発現やメタボロミクスのデータを解析し、このような調節を研究するために、多くの方法が開発されています。 現在、いくつかの方法は、遺伝子発現とメタボロミクスプロファイリングデータの統合的なネットワーク分析向けにウェブサービス「GAM」として提供されています。

グループメンバー

Alexey Sergushichev
Alexey Sergushichev
リサーチラボ/グループ長
Sergey Kazakov
Sergey Kazakov
研究員
Alexander Loboda
Alexander Loboda
研究員
Konstantin Zaitsev
Konstantin Zaitsev
研究員
Javlon Isomurodov
Javlon Isomurodov
研究員