リサーチグループ

BioLabs

BioLabsグループでは、人間と動物におけるエピジェネティック制御の根底にあるメカニズムを解明し、細胞分化と老化におけるこのメカニズムの役割を特定することを目標としています。 実験的データ分析に使用する新たなアルゴリズムと手法の開拓、スケーラブルな計算パイプラインとツールの構築、各種老化研究での生物学者との協力を行っています。

リサーチプロジェクト

  • 老化するヒト単球におけるエピジェネティックの変化 – 健康的な人間の老化に関する研究を専門とした、Maxim Artyomov研究所(ワシントン大学セントルイス校)との共同リサーチプロジェクト。 バイオインフォマティクスパイプラインを作成し、エピジェネティックデータ分析の新しいアルゴリズムと手法を開発しています。
  • 免疫システムの老化 – ネズミとヒトの免疫システムの老化を研究するプロジェクト。 細胞集団の発達を包括的に特徴づけるための単一細胞法を適用しています。
  • 健康的な人間の老化の縦断的分析 – 健康的な人間の老化に関する研究。 縦断的なマルチおミクスデータから主な老化促進要因を特定することを目標としています。

ツール

  • SPANピークアナライザー – 限られた手動アノテーション情報を活用することで複数のレプリケートとノイズを堅牢に処理する、幅広いChIP-seq、ATAC-seq、およびシングルセルATAC-seqデータセットを処理できる半教師あり多目的ピーク呼び出しツールです。
  • JBRゲノムブラウザ – 大量のセッションを表示するための強化機能、半教師ありピーク、およびアノテーション機能を備えた、高速で信頼性の高い次世代ゲノムブラウザです。 SPANピークアナライザーと統合されています。
  • SnakeCharm – Snakemakeワークフロー管理システムは、IntelliJプラットフォームのIDE向けプラグインをサポートしており、構文ハイライト機能、コード補完機能、オンザフライコード検証、およびSnakemakeエコシステムとの高度な統合機能を追加します。
  • Pubtrends – 研究分野の知的構造または同様の論文分析を分析できる科学出版物探索ツール。 引用情報に計量書誌学法、そしてテキスト分析に自然言語処理アルゴリズムを適用しています。 このサービスにより、引用数の最も多い論文の検索、題材の探索、引用と論文の類似性グラフの可視化、自動文献レビューの生成を行うことができます。

ソースコード

すべてのソースコードはGitHubで提供されています。

メインプロジェクト:

参加者とそのプロジェクトのリストをご覧ください。

グループメンバー

Oleg Shpynov
Oleg Shpynov
リサーチラボ/グループ長
Roman Cherniatchik
Roman Cherniatchik
研究員
Petr Tsurinov
Petr Tsurinov
研究員