연구 그룹

생물정보학 그룹

생물정보학 그룹은 중요한 실제 생물학적 및 의료 문제에 대한 효율적인 계산 방법의 개발에 전념하고 있습니다. 프로젝트에서는 균유전체 서열 데이터 분석에서 유전자 발현 분석 및 메타볼로믹스에 이르기까지 다양한 흥미로운 주제를 다룹니다.

ITMO 대학의 컴퓨터 기술 부서에 기반을 두고 있으며 JetBrains에서 지원합니다. 세인트 루이스 워싱턴 대학의 Maxim Artyomov 연구소 및 MIPT의 Dmitry Alexeev 연구소와 적극적으로 협력하고 있습니다.

주요 연구 프로젝트

비교 균유전체 알고리즘

균유전체 프로젝트는 일반적으로 프로젝트당 수백 기가바이트의 시퀀싱 데이터를 처리합니다. 이러한 양의 데이터를 효과적으로 분석하고 비교 분석할 수 있도록 MetaFast라는 소프트웨어가 개발되었습니다. 기존의 k-mer 스펙트럼 분석과 전체 균유전체 어셈블리 사이에 있는 경량 어셈블리 알고리즘을 구현합니다. 이 알고리즘을 통해 MetaFast는 참조 유전자 서열을 사용하지 않고도 우수한 계산 성능과 더 유용하고 해석 가능한 추출된 기능, 두 가지 방법의 이점을 결합할 수 있습니다.

개방형 유전자 발현 데이터베이스 분석

현재 TCGA 및 GEO Omnibus 등 수많은 실험의 데이터를 저장하는 대규모 데이터베이스가 여러 가지 있습니다. 이러한 실험을 분석하고 숨겨진 상호관계를 찾는 일은 매우 유망한 분야입니다. 프로젝트의 일환으로, 유사한 유전자 조절 패턴이 있는 실험을 찾을 수 있는 웹 서비스 GeneQuery를 개발하고 있습니다. 검색 결과를 사용하면 명백한 연결을 발견할 수 있으며, 가설을 쉽게 생성할 수 있습니다.

신진대사 조절 연구를 위한 계산 방법

최근 신진대사 조절의 역할이 면역체계와 암의 특징 중 하나로 밝혀졌습니다. 이 프로젝트에서는 이러한 조절을 연구하기 위해 유전자 발현 및 메타볼로믹스 데이터를 분석하기 위한 여러 가지 기법을 개발하고 있습니다. 일부 기법은 현재 유전자 발현 및 메타볼로믹스 프로파일링 데이터의 통합 네트워크 분석을 위한 웹 서비스인 GAM로 제공됩니다.

그룹 멤버

Alexey Sergushichev
Alexey Sergushichev
연구소/그룹 책임자
Sergey Kazakov
Sergey Kazakov
연구원
Alexander Loboda
Alexander Loboda
연구원
Konstantin Zaitsev
Konstantin Zaitsev
연구원
Javlon Isomurodov
Javlon Isomurodov
연구원