연구 그룹

BioLabs

BioLabs 그룹의 목표는 인간과 동물의 후성 유전학적 조절의 기본 메커니즘을 밝히고 세포분화 및 노화에서 이러한 메커니즘의 역할을 확인하는 것입니다. 저희 연구소는 실험 데이터 분석을 위한 새로운 알고리즘과 방법을 개발하고, 확장 가능한 계산 파이프라인과 도구를 빌드하고, 다양한 노화 연구에서 생물학자들과 협력하고 있습니다.

연구 프로젝트

  • 노화된 인간 단핵구의 후성 변화 – 건강한 인간 노화 연구를 주제로 세인트 루이스의 워싱턴 대학의 Maxim Artyomov 연구소와 공동으로 진행하는 공동 연구 프로젝트입니다. 이 연구소는 생물정보학 파이프라인을 만들고 후성 유전학적 데이터 분석을 위한 새로운 알고리즘과 방법을 개발합니다.
  • 면역 시스템 노화 – 이 프로젝트에서는 세포군 발달의 ​​종합적 특성 분석을 위한 단일세포 방법을 적용하여 생쥐와 인간의 면역체계 노화를 연구합니다.
  • 건강한 인간 노화에 대한 종단 분석 – 이 프로젝트에서는 장기적 다중 오믹스 데이터에서 주요 노화 요인을 찾는 것을 목표로, 건강한 인간 노화에 대한 연구를 진행합니다.

도구

  • SPAN Peak Analyzer – 제한된 매뉴얼 어노테이션 정보를 활용하여 여러 복제 및 노이즈를 강력하게 처리하는 광범위한 ChIP-seq, ATAC-seq, 단일 셀 ATAC-seq 데이터세트를 처리할 수 있는 준감독 다목적 피크 호출 도구입니다.
  • JBR Genome Browser – 대규모 세션, 준감독 피크 및 어노테이션 기능을 보기 위한 향상된 기능을 갖춘 빠르고 안정적인 차세대 게놈 브라우저입니다. SPAN Peak Analyzer와 통합됩니다.
  • SnakeCharm – IntelliJ 플랫폼 IDE용 Snakemake 워크플로 관리 시스템 지원 플러그인으로, 구문 강조 표시, 코드 완성, 즉석 코드 검사, Snakemake 에코시스템과의 고급 통합 기능을 추가합니다.
  • Pubtrends – 연구 분야 또는 유사 논문 분석의 지적 구조를 분석할 수 있는 과학적 논문 탐색 도구입니다. 인용 정보에는 서지계측법을 적용하고 텍스트 분석에는 자연어 처리 알고리즘을 적용합니다. 이 서비스를 이용하면 가장 많이 인용된 논문을 찾고, 주제를 탐색하고, 인용 및 논문 유사성 그래프를 시각화하고, 자동화된 문헌 검토를 생성할 수 있습니다.

소스 코드

모든 소스 코드는 GitHub에서 이용할 수 있습니다.

학생 인턴십

그룹 멤버

Oleg Shpynov
Oleg Shpynov
연구소/그룹 책임자
Aleksei Dievskii
Aleksei Dievskii
연구원
Roman Cherniatchik
Roman Cherniatchik
연구원
Petr Tsurinov
Petr Tsurinov
연구원