Grupo de pesquisa

Grupo de Bioinformática

O grupo de bioinformática se dedica ao desenvolvimento de métodos computacionais eficientes para importantes problemas biológicos e médicos do mundo real. Os projetos abrangem diversos tópicos interessantes, desde análises de dados metagenômicos de sequenciamento até análises de expressões genéticas e metabolômicas.

O grupo tem sede no Departamento de Tecnologias da Computação da ItMO University e é apoiado pela JetBrains, além de colaborar com o laboratório de Maxim Artyomov na Washington University em St. Louis e com o laboratório de Dmitry Alexeev no MIPT.

Principais projetos de pesquisa

Algoritmos para metagenômicas comparativas

Projetos metagenômicos geralmente lidam com muitos dados: até várias centenas de gigabytes de dados de sequenciamento por projeto. Para sermos capazes de analisar efetivamente essas quantidades de dados e fazer uma análise comparativa, foi desenvolvido um software, chamado MetaFast. Ele implementa um algoritmo de assembly leve que gira em torno de análises tradicionais do espectro k-mer e o assembly metagenômico completo. Esse algoritmo permite que o MetaFast combine as vantagens de ambos os métodos: alto desempenho computacional com características extraídas mais informativas e mais bem interpretativas, tudo isso sem usar sequências de genoma de referência.

Análise de bancos de dados abertos de expressões genéticas

Atualmente, existem vários bancos de dados grandes, como o TCGA e o GEO Omnibus, que armazenam os dados de vários experimentos. Analisar esses experimentos e encontrar inter-relações ocultas é um campo muito promissor. Como parte do projeto, um serviço da Web, o GeneQuery, está sendo desenvolvido, permitindo que experimentos com padrões semelhantes de regulação genética sejam encontrados. O uso dos resultados dessa pesquisa pode levar à descoberta de conexões não óbvias, o que também pode facilitar a geração de hipóteses.

Métodos computacionais para estudar a regulação metabólica

Recentemente, um papel da regulação metabólica foi reconhecido como uma das marcas do sistema imunológico e do câncer. Nesse projeto, uma série de métodos estão sendo desenvolvidos para analisar dados de expressão genética e metabolômica a fim de estudar tal regulação. Atualmente, alguns dos métodos estão disponíveis como um serviço da Web GAM para análises integrativas de rede de dados de definição do perfil de expressões genéticas e metabolômicas.

Membros do Grupo

Alexey Sergushichev
Alexey Sergushichev
Chefe de Laboratório/Grupo de Pesquisa
Sergey Kazakov
Sergey Kazakov
Pesquisador
Alexander Loboda
Alexander Loboda
Pesquisador
Konstantin Zaitsev
Konstantin Zaitsev
Pesquisador
Javlon Isomurodov
Javlon Isomurodov
Pesquisador