JetBrains Research 2020
Итоги года

Для JetBrains Research непростой 2020 год оказался интересным и продуктивным, несмотря на все преграды и обстоятельства. Наши команды реализовали множество важных задач и проектов. Подводим итоги года и делимся с вами результатами.

JetBrains Research в числах

19+5
лабораторий
156+52
исследователей
492+85
публикации с аффилиацией и благодарностью за поддержку
18+13
постов на русскоязычный Хабр
67 
курсов прочитано сотрудниками лабораторий в 2020
104 
проекта для студентов в весеннем и осеннем семестрах в 2020
60 
летних стажировок в 2020
5 
регулярных семинаров для всех желающих в 2020
41+11
партнерская связь с университетами и другими учебными заведениями

Новости исследовательских групп


BioLabs

Список публикаций:

Enhanced epigenetic profiling of classical human monocytes reveals a specific signature of healthy aging in the DNA methylome.

I. Shchukina, J. Bagaitkar, O. Shpynov, E. Loginicheva, S. Porter, D. Mogilenko, E. Wolin, P. Collins, G. Demidov, M. Artomov, K. Zaitsev, S. Sidorov, C. Camell, M. Bambouskova, L. Arthur, A. Swain, A. Panteleeva, A. Dievskii, E. Kurbatsky, P. Tsurinov, R. Chernyatchik, V. Deep Dixit, M. Jovanovic, S. Stewart, M. Daly, S. Dmitriev, E. Oltz, M. Artyomov.

Подробнее

Automatic generation of reviews of scientific papers. ICMLA2020.

A. Nikiforovskaya, N. Kapralov, A. Vlasova, O. Shpynov, A. Shpilman.

Подробнее

Comprehensive Profiling of an Aging Immune System Reveals Clonal GZMK+ CD8+ T Cells as Conserved Hallmark of Inflammaging.

D. Mogilenko, O. Shpynov, P. S. Andhey, L. Arthur, A. Swain, E. Esaulova, S. Brioschi, I. Shchukina, M. Kerndl, M. Bambouskova, Z. Yao, A. Laha, K. Zaitsev, S. Burdess, S. Gillfilan, S. Stewart, M. Colonna, M. Artyomov.

Подробнее

Группа нейробиологии и физиологии развития

  • Прочитан курс «Computational Neuroscience» для студентов партнерских магистратур ВШЭ и ИТМО.
  • Публикация была принята в журнал Frontiers in Computational Neuroscience.
  • Пост на Хабре: «Создай мозг с нуля: математические модели в нейробиологии».
  • Переписано ядро платформы.
  • Создан язык написания конфигураций для построения моделей.
  • Ставятся новые эксперименты.
  • Стали проводиться регулярные семинары по различным темам в области нейрогенеза, развития центральной нервной системы и нейромоделирования.
  • Партнерство с Уппсальским университетом (Швеция).

Список публикаций:

BCNNM: a framework for in silico neural tissue development modeling.

D. Bozhko, G. Galumov, A. Polovjan, S. Kolchanova, V. Myrov, V. Stelmakh, H. Schiöth.

Подробнее

Группа биоинформатики

Список публикаций:

Evaluation of haplotype callers for next-generation sequencing of viruses//Infection.

Eliseev A., Gibson K., Avdeyev P., Novik D., Bendall M., Perez-Losada M., Alexeev N., Crandall K.

Chain Monte Carlo for Active Module Identification Problem.

Alexeev N., Isomurodov J., Sukhov V., Korotkevich G., Sergushichev A. Markov.

Группа HoTT и зависимых типов

  • Достижения в области написания кода отражены на странице проекта.
  • Были выпущены три версии языка и плагина к нему.
  • Проведен семинар Валерия Исаева «Arend proof assistant».
  • Статистика по коммитам за 2020 г.: +136 830 (строк добавлено), –101 573 (строк удалено). Все изменения в репозитории можно увидеть тут и тут (не включена работа над туториалами и стандартной библиотекой).
  • Был создан туториал.

Лаборатория криптографии

  • 53 публикации:
    • 16 статей в журналах, 8 из них в Q1-Q2 Scopus-WoS и 8 в Q3-Q4.
    • 2 публикации в материалах конференции CORE (B).
    • 5 публикаций в материалах международных конференций.
    • 30 тезисов на международных и российских конференциях.
  • Создан видеокурс Н. Токаревой «Основы криптоанализа».
  • Проведена международная олимпиада по криптографии 2020.
  • Видео-лекция Н. Муха «Обзор AES – стандарта симметричного шифрования США от NIST».
  • Опубликован сборник «Результаты работы криптолаборатории с сентября 2019 г. по август 2020 г.».
  • Проведена летняя школа-конференция «Криптография и информационная безопасность» (9–27 июля 2020 г.). Результаты опубликованы в сборнике материалов.
  • Организовано 8 лекционных курсов по криптографии.
  • Регулярные семинары «Криптография и криптоанализ».
  • В 2020 году в нашем коллективе защищена одна кандидатская квалификационная работа, шесть магистерских и три бакалаврские.
  • К защите, запланированной на 2021 год, подготовлены две кандидатские диссертации:
    • А. Куценко, «Самодвойственные бент-функции и их метрические свойства» (руководитель – Наталья Токарева).
    • А. Облаухов, «Метрически регулярные множества в булевом кубе: конструкции и свойства» (руководитель – Наталья Токарева).
  • Партнерства:
    • Бергенский университет (Норвегия)
    • Парижский университет 8 (Франция)
    • Отдел компьютерной безопасности NIST (США)
    • CryptoExperts (Франция)
    • CNRS (Франция)
    • Белорусский государственный университет

Статьи в журналах

On metric regularity of Reed-Muller codes.

Oblaukhov A.

Подробнее

Metrical properties of self-dual bent functions.

Kutsenko A.

Подробнее

A note on the properties of associated Boolean functions of quadratic APN functions.

Gorodilova A.

Подробнее

The Fifth International Students' Olympiad in Cryptography – NSUCRYPTO: problems and their solutions.

Gorodilova A., Agievich S., Carlet C., Hou X., Idrisova V., Kolomeec N., Kutsenko A., Mariot L., Oblaukhov A., Picek S., Preneel B., Rosie R., Tokareva N.

Подробнее

Development of a method for hiding private data for a blockchain-based tender system.

Kondyrev D.

Подробнее

The group of automorphisms of the set of self-dual bent functions.

Kutsenko A.

Подробнее

Metrical properties of the set of bent functions in view of duality.

Kutsenko A., Tokareva N.

Подробнее

On metric complements and metric regularity in finite metric spaces.

Oblaukhov A.

Подробнее

Maximums of the additive differential probability of exclusive-or.

Mouha N., Kolomeec N., Akhtyamov D., Bonich T., Ischukova E., Panferov M., Sutormin I., Titova K., Tokareva N., Zhantulikov B.

On constructions and properties of self-dual generalized bent functions.

Kutsenko A.

Тесты для SAT-решателей, основанные на криптографических задачах.

Kalgin K.V., Doronin A.E.

On properties of a bent function secondary construction.

Kolomeec N.

О шестой международной олимпиаде по криптографии NSUCRYPTO.

Gorodilova A., Tokareva N., Agievich S., Carlet K., Gorkunov E., Idrisova V., Kolomeec N., Kutsenko A., Lebedev R., Nikova S., Oblaukhov A., Pankratova I., Pudovkina M., Reimen V., Udovenko A.

On the Sixth International Olympiad in Cryptography NSUCRYPTO.

Gorodilova A., Tokareva N., Agievich S., Carlet C., Gorkunov E., Idrisova V., Kolomeec N., Kutsenko A., Lebedev R., Nikova S., Oblaukhov A., Pankratova I., Pudovkina M., Rijmen V., Udovenko A.

Подробнее

On the number of unsuitable Boolean functions in constructions of filter and combining models of stream ciphers.

Bonich T., Panferov M., Tokareva N.

Connections between quaternary and Boolean bent functions.

Tokareva N., Shaporenko A., Sole P.

Статьи в материалах конференции

On combinatorial approaches to search for quadratic APN functions.

Kalgin K., Idrisova V.

On constructions and properties of self-dual generalized bent functions.

Kutsenko A.

On relationship between quaternary and Boolean bent functions.

Shaporenko A.

S-box construction based on a Boolean function and a permutation.

Zyubina D., Zapolskii M., Khilchuk I., Tokareva N.

Properties of the secret gamma in stream ciphers.

Bonich T., Panferov M., Tokareva N.

Metrical properties of the set of bent functions in view of duality.

Kutsenko A., Tokareva N.

The general universal model of blockchain technology based on an analysis of some implementations.

Sazonova P.

Лаборатория методов ядерно-физических экспериментов

Список публикаций:

Declarative analysis in «Troitsk nu-mass» experiment.

A. Nozik.

Подробнее

Лаборатория алгоритмов мобильных роботов

  • Опубликовано 10 статей.
  • 7 выступлений на различных конференциях.
  • Две открытых лекции в Ясной Поляне.
  • Два открытых семинара: «STEAM-образование в аспекте профориентации: проблемы и перспективы развития» и «Руководство в IT-проектах для начинающих».
  • Проведен хакатон по применению нейротехнологий и методов машинного обучения.
  • Программа расширенной подготовки JetBrains в ЛЭТИ на кафедре МОЭВМ.
  • Организация лаборатории «Технологии мобильных роботов».
  • Проведена зимняя школа STEM совместно с MIT.
  • Проведена зимняя школа по Software Engineering and Internet of Things совместно с ЛЭТИ.
  • Создано четыре андроид-активности для школьников: (1), (2), (3), (4).
  • Прочитано 5 курсов:
    • «Self-driving cars» (ВШЭ).
    • «Архитектура компьютера» (СПбГУ СП, СПбГУ МААД, CSC и ЛЭТИ).
    • «Мобильная разработка» (ИТМО, ВШЭ).
    • Курс STEM для учеников 8–9 классов школы 777.
    • «Введение в программную инженерию» (ЛЭТИ).
  • Проект Duckietown:
    • Интеграция графического редактора карт в проект Duckietown.
    • Работа над новым форматом представления карт в Duckietown.
    • Проведена олимпиада.
    • Создана видео-открытка к Хэллоуину.
    • Разработан онлайн-курс с задачами на базе симулятора Duckietown.
    • Проведена открытая лекция про Duckietown.
    • Создана команда по разработке алгоритмов в рамках Duckietown в НГУ.
  • Партнерство с Сириус.Лето.

Список публикаций:

Research Challenges Of Industry 4.0.

K. Chaika

Подробнее

A Simplistic Approach for Lightweight Multi-Agent SLAM Algorithm.

A. Filatov, K. Krinkin.

Imitation Learning Approach for AI Driving Olympics Trained on Real-world and Simulation Data Simultaneously.

M. Sazanovich, K. Chaika, K. Krinkin, A. Shpilman.

Подробнее

Transferable Belief Models for Lightweight Simultaneous Localization and Mapping.

K. Krinkin.

Models of Telecommunications Network Monitoring Based on Knowledge Graphs.

K. Krinkin, A. Vodyaho, I. Kulikov, N. Zhukova.

Architecture of a Telecommunications Network Monitoring System Based on a Knowledge Graph.

K. Krinkin, I. Kulikov, A. Vodyaho, N. Zhukova.

Android Memory Inspection Techniques and Tools.

K. Krinkin, V. Dopira, O. Kochneva, S. Petrov, M. Kopylov.

Integration AI to a society. Threats, benefits, challenges. VIDEO, AUDIO SIGNAL PROCESSING IN THE CONTEXT OF NEUROTECHNOLOGY

K. Krinkin.

Подробнее

Media Content Delivery Protocols Performance and Reliability Evaluation in Cellular Mobile Networks.

I. Dronnikov, K. Krinkin.

Подробнее

Autonomous Wheels And Camera Calibration In Duckietown Project.

K. Krinkin, K. Chayka, A. Filatov, A. Filatov.

Лаборатория исследований процессов обучения

  • Прочитано 3 курса:
    • «Когнитивная психология и социальное поведение».
    • «Гендерное неравенство в STEM».
    • «Кто занят программированием? Работники IT по данным международных социологических опросов».

Лаборатория языковых инструментов

Список публикаций:

PerSeVerE: Persistency Semantics for Verification under Ext4.

M. Kokologiannakis, I. Kaysin, A. Raad, V. Vafeiadis.

Reconciling Event Structures with Modern Multiprocessors.

E. Moiseenko, A. Podkopaev, O. Lahav, O. Melkonian, V. Vafeiadis

Подробнее

Repairing and Mechanising the JavaScript Relaxed Memory Model.

C. Watt, C. Pulte, A. Podkopaev, G. Barbier, S. Dolan, S. Flur, J. Pichon-Pharabod Shu-yu Guo

Подробнее

Promising 2.0: Global Optimizations in Relaxed Memory Concurrency.

S.-H. Lee, M. Cho, A. Podkopaev, S. Chakraborty, C.-K. Hur, O. Lahav, V. Vafeiadis.

Подробнее

Efficient Fair Relational Conjunction for Structurally-Recursive Relations.

P. Lozov, D.Boulytchev.

Context-Free Path Querying by Kronecker Product.

E. Orachev, I. Epelbaum, R. Azimov, S. Grigorev.

Подробнее

Recursive Expressions for SPARQL Property Paths.

C. Medeiros, U. Costa, S. Grigorev, M. Musicante.

Подробнее

Modification of Valiant’s algorithm for the string-matching problem.

Susanina Y., Yaveyn A., Grigorev S.

Подробнее

Context-Free Path Querying with Single-Path Semantics by Matrix Multiplication.

A. Terekhov, A. Khoroshev, R. Azimov, S. Grigorev.

Подробнее

Context-Free Path Querying via Matrix Equations.

Y. Susanina.

Подробнее

Optimizing GPU programs by partial evaluation.

A.Tyurin, D. Berezun, S. Grigorev.

Подробнее

Binding-Time Analysis for Relational Programs.

I. Artemeva, E. Verbitskaya.

Certified Semantics for Relational Programming.

D. Rozplokhas, A. Vyatkin, D. Boulytchev.

Relational Synthesis for Pattern Matching.

D. Kosarev, P. Lozov, D. Boulytchev.

An Empirical Study of Partial Deduction for miniKanren.

E. Verbitskaya, D. Berezun, D. Boulytchev.

Лаборатория верификации и анализа программ

Список публикаций:

Automated Cross-Language Integration Based on Formal Model of Components.

A. Aleksyuk, V. Itsykson.

Computing Automatic generation of software bug fixes based on analysis of software repositories.

A. Belskii, V. Itsykson

Partial Specifications of Libraries: Applications in Software Engineering.

V. Itsykson.

Методы машинного обучения в области программной инженерии

  • 10 публикаций.
  • Регулярные семинары в течение всего года (YouTube-канал).
  • Посты на Хабре:
  • Опубликован ряд инструментов:
    • KInference — библиотека, делающая возможным исполнение сложных моделей машинного обучения (написанных с ONNX) на базовом Kotlin.
    • Sosed — инструмент для обнаружения похожих программных проектов на GitHub на основе эмбеддингов кода.
    • Buckwheat — многоязычный токенизатор для извлечения имен классов, функций и идентификаторов из исходного кода.
    • IntelliJDeodorant — плагин к IntelliJ IDEA, который обнаруживает «запахи кода» в проектах на Java и рекомендует подходящие рефакторинги для их устранения.
    • RefactorInsight — плагин к IntelliJ IDEA, который позволяет IDE визуализировать рефакторинги в истории коммитов Java-проектов.
    • KotlinRefMiner — библиотека, обнаруживающая выполненные рефакторинги в изменениях кода, написанных на Kotlin.
    • Topias — плагин IntelliJ IDEA для визуализации частоты изменений кода на основе данных системы контроля версий.
  • Прочитано 5 курсов на трех площадках:
    • «Практика по программированию» (СПбГУ).
    • «Software Engineering» (СПбГУ, ВШЭ, ИТМО).
    • «Software Design» (ВШЭ и ИТМО).
    • «Функциональное программирование» (СПбГУ).
    • «Machine Learning in Software Engineering» (ВШЭ).
  • Партнерства:
    • TU Delft (Нидерланды).
    • University of California, Irvine (США).
    • Rochester Institute of Technology (США).
    • Johannes Kepler University (Австрия).
    • University of British Columbia (Канада).

Список публикаций:

Comparing Block-based Programming Models for Two-armed Robots.

N. Ritschel, V. Kovalenko, R. Holmes, R. Garcia, D. Shepherd.

Подробнее

Sosed: a tool for finding similar software projects.

E. Bogomolov, Y. Golubev, A. Lobanov, V. Kovalenko, T. Bryksin.

Подробнее

Pandemic Programming: How COVID-19 affects software developers and how their organizations can help.

P. Ralph, S. Baltes, G. Adisaputri, R. Torkar, V. Kovalenko, M. Kalinowski, N. Novielli, S. Yoo, X. Devroey, X. Tan, M. Zhou, B. Turhan, R. Hoda, H. Hata, G. Robles, A. Milani Fard, R. Alkadhi.

Подробнее

Recommendation of Move Method Refactoring Using Path-Based Representation of Code.

Z. Kurbatova, I. Veselov, Y. Golubev, T. Bryksin.

Подробнее

Visualization of Methods Changeability Based on VCS Data.

S. Svitkov, T. Bryksin.

Подробнее

A Study of Potential Code Borrowing and License Violations in Java Projects on GitHub.

Y. Golubev, M. Eliseeva, N. Povarov, T. Bryksin.

Подробнее

Building Implicit Vector Representations of Individual Coding Style.

V. Kovalenko, E. Bogomolov, T. Bryksin, A. Bacchelli.

Подробнее

Using Large-Scale Anomaly Detection on Code to Improve Kotlin Compiler.

T. Bryksin, V. Petukhov, I. Alexin, S. Prikhodko, A. Shpilman, V. Kovalenko, N. Povarov.

Multi-Objective Optimization for Token-Based Clone Detection.

Y. Golubev, V. Poletansky, N. Povarov, T. Bryksin.

Подробнее

Authorship Attribution of Source Code: A Language-Agnostic Approach and Applicability in Software Engineering.

E. Bogomolov, V. Kovalenko, A. Bacchelli, T. Bryksin.

Подробнее

Лаборатория параллельных вычислений

  • 2 выступления с постерами на конференциях.
  • Прочитан курс по параллельному программированию на базе ИТМО.

Список публикаций:

Restricted memory-friendly lock-free bounded queues.

Nikita Koval, Vitaly Aksenov.

Подробнее

Testing concurrency on the JVM with lincheck.

N. Koval, M. Sokolova, A. Fedorov, D. Alistarh, D. Tsitelov.

Подробнее

Лаборатория киберфизических систем

  • 7 публикаций.
  • Доклады на конференциях:
  • 6 авторских курсов:
    • «Теория и практика научных исследований».
    • «Инжиниринг современных информационных систем».
    • «Гибридные системы с ARM-архитектурой».
    • «Современные проблемы информатики и вычислительной техники».
    • «Формальные методы в программной инженерии».
    • «Теория параллелизма».
  • Партнерство с НГУ.

Список публикаций:

Verifying Reflex-software with SPIN: Hand Dryer Case Study.

T. Liakh, N. Garanina, I. Anureev, V. Zyubin.

The Post Language: Process-Oriented Extension for IEC 61131-3 Structured Text.

V. Bashev, I. Anureev, V. Zyubin.

Generating Process Diagrams for Control Software in the Reflex Language.

S. Belenkaia, V. Zyubin, A. Rozov.

Bias-Corrected Optical Measurement of Film Thickness for Vacuum Evaporation Coating.

V. Drobotun, A. Rozov.

Bio-Inspired End-Stopped Neuron Model for the Curves Segmentation.

A. Kugaevskikh

Dynamic Verification of Process-Oriented Control Software by the Case of Crossroad Control.

T. Liakh, A. Grivtsova.

An Ontology-Based Approach to Support Formal Verification of Concurrent Systems.

Garanina N., Anureev I., Sidorova E., Koznov D., Zyubin V., Gorlatch S.

Подробнее

Прикладное машинное обучение и глубинное обучение и Агентные системы и обучение с подкреплением

  • 4 публикации.
  • Первое место в категории RL на соревновании Flatland.
  • Третье место на соревновании по Black box optimization.
  • Проведена летняя школа по машинному обучению.
  • Посты на Хабре:
  • Прочитано 6 курсов:
    • «Машинное обучение» (5 разных курсов для ВШЭ, ИТМО, СПбГУ, ЕУ, ИБ).
    • «Глубокое обучение с подкреплением» (один курс на ВШЭ+ИТМО).
    • «Алгоритмы в биоинформатике» (ИБ).
    • «Информационный поиск» (один курс на ВШЭ+ИТМО).
    • «Беспилотные автомобили» (ВШЭ).
    • «Обучение без учителя» (ВШЭ).

Список публикаций:

Automatic generation of reviews of scientific papers.

A. Nikiforovskaya, N. Kapralov, A. Vlasova, O. Shpynov, A. Shpilman.

Подробнее

Imitation Learning Approach for AI Driving Olympics Trained on Real-world and Simulation Data Simultaneously.

M. Sazanovich, K. Chaika, K. Krinkin, A. Shpilman.

Using Large-Scale Anomaly Detection on Code to Improve Kotlin Compiler.

T. Bryksin, V. Petukhov, I. Alexin, S. Prikhodko, A. Shpilman, V. Kovalenko, N. Povarov.

Lipophilicity Prediction with Multitask Learning and Molecular Substructures Representation.

N. Lukashina, A. Alenicheva, E. Vlasova, A. Kondiukov, A. Khakimova, E. Magerramov, N. Churikov, A. Shpilman.

Подробнее

Paper-Analyzer

  • Опубликована статья по результатам участия в соревновании BioASQ (модель Relation Extraction заняла 2-е место в лидерборде).
  • Прочитан курс «Deep Learning» (ВШЭ+ИТМО – весенний и осенний семестры).
  • Прочитаны лекции на Летней школе по машинному и глубокому обучению.

Список публикаций:

Transformer-Based Open Domain Biomedical Question Answering.

A. Kazaryan, U. Sazanovich, V. Belyaev.

Проблемы оптимизации в программной инженерии

Список публикаций:

GADMA: Genetic algorithm for inferring demographic history of multiple populations from allele frequency spectrum data.

Noskova E., Ulyantsev V., Koepfli K.P., O’Brien S.J., Dobrynin P.

Лаборатория параметризованных алгоритмов

  • 2 публикации.
  • Участие команды ВШЭ-СПб в международной студенческой математической олимпиаде.
  • 7 курсов:
    • «Параметризованные алгоритмы».
    • «Вероятностные алгоритмы».
    • «Точные экспоненциальные алгоритмы».
    • «Дискретная математика» (ВШЭ).
    • «Дискретная математика» (СПБГУ).
    • «Алгоритмы» (стардартный курс).
    • «Теория сложности».

Список публикаций:

Diverse Pairs of Matchings.

F. Fomin, P. Golovach, L. Jaffke, Geevarghese P., D. Sagunov.

Подробнее

Building Large k-Cores from Sparse Graphs.

F. Fomin, D. Sagunov, K. Simonov.

Подробнее