Группа биоинформатики

Целью группы биоинформатики является разработка эффективных вычислительных методов для актуальных задач биологии и медицины. Проекты покрывают достаточной широкий спектр задач: от обработки данных метагеномного ДНК-секвенирования, до анализа экспрессии генов и метаболомики.

Группа базируется на кафедре компьютерных технологий Университета ИТМО и поддерживается компанией JetBrains. Группа активно сотрудничает с лабораторией Максима Артемова в Университете Вашингтона в Сент-Луисе и лабораторией Дмитрия Алексеева в МФТИ.

Основные проекты

Сравнительный анализ метагеномных данных

В рамках проекта разрабатывается программа MetaFast. В методе MetaFast применяется компромиссный вариант между использованием метагеномной de novo сборки и спектров k-меров. Такая комбинация позволяет объединить преимущества этих подходов: интерпретируемость и вычислительную эффективность, при отсутствии необходимости наличия заранее известных референсных геномных последовательностей.

Анализ открытых баз экспериментальных данных

Базы экспериментальных данных, такие как TCGA и GEO Omnibus, хранят в себе данные большого числа экспериментов, и интересным является поиск связей в этих данных. Для поиска таких связей был разработан веб-сервис GeneQuery, позволяющий искать эксперименты с похожей регуляцией генов. Поиск неочевидных связей с другими экспериментами упрощает процесс генерации гипотез.

Методы анализа для изучения метаболической регуляции

В последнее время ученые оценили роль метаболической регуляции, особенно в контексте иммунной системы и развития опухолевых клеток. Данный проект посвящен разработке методов для изучения метаболической регуляции с помощью анализа данных транскриптомики и метаболомики. В рамках проекта был разработан набор методов, доступных в виде веб-сервиса GAM для интегративного сетевого анализа таких данных.