Исследовательская группа

BioLabs

Основными целями группы являются исследование механизмов эпигенетической регуляции у людей и других организмов, а также понимание роли этих механизмов в процессах клеточной дифференцировки и старения. Мы разрабатываем новые алгоритмы и методы анализа экспериментальных данных, создаем масштабируемые вычислительные пайплайны и инструменты, а также работаем в сотрудничестве с биологами над различными исследованиями старения.

Проекты

  • Epigenetic changes in aging human monocytes – совместный проект по исследования здорового старения человека с лабораторией Максима Артемова в университете Вашингтона в Сент-Луисе. Лаборатория занимается биоинфоматическом анализом, создает вычислительные пайплайны и разрабатывает новые алгоритмы и методы анализа эпигенетических данных.
  • Immune system aging – проект, в рамках которого изучается старение иммунной системы у мышей и человека, применяя методы единичных клеток для комплексного анализа развития клеточных популяций.
  • Лонгитюдный анализ здорового старения человека – исследование здорового старения человека, направленное на поиск основных факторов старения на основе лонгитюдных данных мультиомики.

Инструменты

  • SPAN Peak Analyzer – полуавтоматический универсальный анализатор пиков, способный обрабатывать широкий спектр экспериментов ChIP-seq, ATAC-seq и ATAC-seq для единичных клеток, который поддерживает эксперименты с множественными репликатами с различными уровнями шума, используя ограниченную мануальную аннотацию данных.
  • JBR Genome Browser – быстрый и надежный геномный браузер следующего поколения с расширенными возможностями просмотра больших сеансов, полу-автоматической аннотации и поиска пиков, интегрированной со SPAN peak caller.
  • SnakeCharm – snakemake-плагин для IDE на базе платформы IntelliJ, добавляющий подсветку синтаксиса, автодополнение кода, валидации кода на лету и расширенную интеграцию с экосистемой snakemake.
  • Pubtrends – инструмент для анализа научных публикаций, позволяющий исследовать интеллектуальную структуру научной области, а также анализировать аналогичные статьи. Мы применяем методы библиометрии для анализа графа цитирования, и методы обработки естественного языка для анализа текстов. Сервис позволяет находить наиболее цитируемые статьи, темы в области, визуализировать графы цитирований и схожести статей, а также автоматически создавать обзоры литературы.

Исходный код

Github page – весь исходный код находится здесь.

Студенческая практика

Состав

Олег Шпынов
Руководитель лаборатории/группы
Алексей Диевский
Исследователь
Роман Чернятчик
Исследователь
Пётр Цуринов
Исследователь