Исследовательская группа

BioLabs

Основными целями группы являются исследование механизмов эпигенетической регуляции у людей и других организмов, а также понимание роли этих механизмов в процессах клеточной дифференцировки и старения. Мы разрабатываем новые алгоритмы и методы анализа экспериментальных данных, создаем масштабируемые вычислительные пайплайны и инструменты, а также работаем в сотрудничестве с биологами над различными исследованиями старения.

Проекты

  • Epigenetic changes in aging human monocytes – совместный проект по исследования здорового старения человека с лабораторией Максима Артемова в университете Вашингтона в Сент-Луисе. Лаборатория занимается биоинфоматическом анализом, создает вычислительные пайплайны и разрабатывает новые алгоритмы и методы анализа эпигенетических данных.
  • Immune system aging – проект, в рамках которого изучается старение иммунной системы у мышей и человека, применяя методы единичных клеток для комплексного анализа развития клеточных популяций.
  • Лонгитюдный анализ здорового старения человека – исследование здорового старения человека, направленное на поиск основных факторов старения на основе лонгитюдных данных мультиомики.

Инструменты

  • SPAN Peak Analyzer – это универсальный инструмент для поиска пиков с применением частичного обучения с учителем, способный обрабатывать данные экспериментов ChIP-seq, ATAC-seq и single-cell ATAC-seq. SPAN эффективно обрабатывает шум в экспериментальных данных за счет использования ручной аннотации малого размера.
  • JBR Genome Browser – это быстрый универсальный геномный браузер с поддержкой интегрированного подхода к поиску пиков на основе частичного обучения с учителем (совместно с алгоритмом для анализа пиков SPAN).
  • SnakeCharm – плагин для ряда IDE на базе платформы IntelliJ, обеспечивающий широкие возможности редактирования и рефакторинга для Snakemake и расширенную интеграцию с экосистемой этого языка программирования.
  • Pubtrends – инструмент для анализа научных публикаций, позволяющий исследовать интеллектуальную структуру научной области, а также искать подобные работы. Мы применяем методы библиометрии для анализа графа цитирования и методы обработки естественного языка для анализа текстов. Сервис позволяет находить наиболее цитируемые статьи и темы в области, визуализировать графы цитирований и сходства статей, а также автоматически создавать обзоры литературы.

Исходный код

Github page – весь исходный код находится здесь.

Студенческая практика

Состав

Олег Шпынов
Олег Шпынов
Руководитель лаборатории/группы
Алексей Диевский
Алексей Диевский
Исследователь
Роман Чернятчик
Роман Чернятчик
Исследователь
Пётр Цуринов
Пётр Цуринов
Исследователь