Исследовательская группа

BioLabs

JBR Genome Browser

Активный

JBR Genome Browser — это быстрый универсальный геномный браузер с поддержкой интегрированного подхода к поиску пиков на основе частичного обучения с учителем (совместно с алгоритмов для анализа пиков SPAN).

Одна из основных проблем обучения с учителем – это сложность процедуры ручного аннотирования данных, что часто приводит к неточностям и ошибкам в созданной разметке. Мы представляем новый инструмент визуализации, который поддерживает классические функции геномных браузеров и предоставляет интегрированные возможности аннотации пиков и их поиска. JBR Genome Browser позволяет исследователям загружать треки данных ChIP-seq, выполнять аннотацию данных в единой сессии с данными и осуществлять мгновенный поиск пиков, с отображением результатов поиска пиков в виде BED файлов. JBR является не только эффективным инструментом для поиска пиков, но и геномным браузером нового поколения. Он предоставляет расширенный функционал для просмотра больших файлов, одновременного просмотра нескольких участком генома, а также сбора статистики треков.

Содержание

Описание

  • Поиск пиков на лету с использованием моделей SPAN.
  • Интегрированная аннотация пиков для поиска на основе частичного обучения с учителем.
  • Поддержка одновременного просмотра нескольких геномных локаций.
  • Поддерживаемые форматы данных: BED (включая MACS2, SICER peaks), BigWig, Wig, BigBed, Tdf.
  • Supported data file formats: BED (including MACS2, SICER peaks), BigWig, Wig, BigBed, Tdf.
  • Поддерживаемые форматы сессий: JBR *.yaml, IGV *.xml.
  • Поддержка удаленных URL файлов BigWig/BigBed/BED.
  • Просмотр статистики треков.
  • Анализ перекрытия BED треков.
  • Оптимизирован для работы с большими сессиями.
  • Поддержка скриншотов в форматах PNG или SVG.
  • Новая возможность поиска и загрузки треков с портала ENCODE.
  • Новый режим сервера, визуализирующий один или несколько сеансов в веб-браузере.
    См. пример здесь: https://artyomovlab.wustl.edu/jbr/
  • Поддержка дисплеев с высоким разрешением.

ПРИМЕЧАНИЕ: JBR Genome Browser 1.0.beta.5244 поддерживает модели, созданные при помощи SPAN версии 0.12+.

Требования к системе

  • ОС:
    • Microsoft Windows 10/8/7
    • MacOS 10.8 или выше
    • Linux: GNOME, KDE or UNITY (рекомендуются)
  • Минимум 2 GB RAM
  • Минимальное разрешение экрана 1024x768

Загрузка

Скачать Описание
jbr-1.0.beta.5244.zip Архив Windows (включает встроенную 64-bit Java Runtime)
jbr-1.0.beta.5244.dmg Установщик Mac (включает встроенную 64-bit Java Runtime)
jbr-1.0.beta.5244.tar.gz Архив Linux (включает встроенную 64-bit Java Runtime)

Установка

Скачайте подходящую сборку для вашей ОС из секции Загрузки.

Windows:

  • Распакуйте файл 1.0.beta.5244.zip
  • Запустите jbr.exe.

MacOS:

  • Скачайте файл образа диска macOS 1.0.beta.5244.dmg.
  • Смонтируйте его как еще один диск в вашей системе.
  • Скопируйте JBR Genome Browser в вашу папку Applications.

Если вы хотите открыть сразу несколько экземпляров JBR — запустите второй, третий и т.д. экземпляр, используя команду:
open -n "/Applications/JBR 1.0.app"

Linux:

  • Распакуйте файл 1.0.beta.5244.tar.gz , используя команду: 
    tar -xzf 1.0.beta.5244.tar.gz
  • Запустите jbr.sh з поддиректории bin.

Документация

Общая информация:

См. JBR Wiki на GitHub.

Руководство по поиску пиков с применением частичного обучения с учителем:

доступно на Wiki в разделе How-To.

Сообщить об ошибке

Сообщайте обо всех ошибках или комментариях в общедоступном трекере ошибок JBR Genome Browser.

Modified Wed Aug 12 17:19:12 2020 UTC