BioLabs

Snakemake — это система описания и исполнения вычислительных пайплайнов, которая предоставляет удобный язык описания вычислений на основе Python и мощную среду выполнения, масштабируемую от одноядерных рабочих станций до компьютерных кластеров без изменения описания. Это первая система подобного рода, упрощающая описание потока вычислений для множества входных и выходных файлов путём использования автоматически вычислимых именованных подстановочных символов (или переменных) во входных и выходных именах файлов.

Snakecharm — это плагин для PyCharm и любых других IDE на платформе IntellIJ, обеспечивающий широкие возможности редактирования и рефакторинга для языка программирования Snakemake. Глубокое понимание кода позволяет умному редактору IDE ассистировать Вас навсех этапах разработки пайплайна. Умный рефакторинг позволит вам безопасно и эффективно модифицировать и улучшать ваш проект. Встроенные синтаксические и семантические проверки выявляют все возможные ошибки и недостатки, значительно сокращая число проблем, возникающих при выполнении.

Некоторые особенности:

1. Поддерживает выделение, автозаполнение и навигацию к декларации для языка строковых литералов формата Snakemake.
2. Редактор полностью соответствует спецификации языка Snakemake.
3. Автозаполнение и навигация для подстановочных знаков и имен разделов в правилах.
4. Подсветка синтаксиса вложенных потоков вычислений.
5. Различные проверки на основе семантики Snakemake.

Плагин доступен в официальном репозитории плагинов: https://plugins.jetbrains.com/plugin/11947-snakech...

Плагин Snakecharm был разработан Романом Чернятчиком (JetBrains Research) вместе со студентами в рамках стажировок JetBrains.