Исследовательская группа

BioLabs

SPAN Peak Analyzer

Активный
+----------------------------------+
|SPAN Semi-supervised Peak Analyzer|
+----------------------------|/----+
           ,        ,
      __.-'|'-.__.-'|'-.__
    ='=====|========|====='=
    ~_^~-^~~_~^-^~-~~^_~^~^~^

SPAN — это универсальный инструмент для поиска пиков с применением частичного обучения с учителем, способный обрабатывать данные экспериментов ChIP-seq, ATAC-seq и single-cell ATAC-seq. SPAN способен эффективно обрабатывать шум в экспериментальных данных за счет использования ручной аннотации малого размера. Также, SPAN поддерживает анализ нескольких репликатов, и позволяет консистентно обрабатывать эксперименты с большим количеством репликатов, сохраняя при этом индивидуальные результаты анализа для отдельных репликатов.

Скачать SPAN и посмотреть подробное опиание можно по ссылке: https://github.com/JetBrains-Research/span