Олег Шпынов

Олег Шпынов


Исследовательские группы

Биография

Олег руководит группой бионформатики в лаборатории JetBrains Research. Работает в лаборатории с 2013 года.

В 2008 году Олег с отличием окончил математико-механический факультет СПбГУ. В 2008-2010 гг. обучался в аспирантуре СПбГУ. Является выпускником первого года Института Биоинформатики в 2012г.

Ранее Олег принимал участие в разработке основных продуктов JetBrains, включая флагманский продукт IntellIJ IDEA, PyCharm, а также IdeaVIM (плагин эмуляции vim, 7+млн загрузок). Создатель интегрированной среды разработки для языка Ruby - Rubymine. Занимался анализом исходного кода на языке программирования начиная с лексического анализа, заканчивая разработкой систем типов и различных семантических верификаций кода.

Научные интересы включают машинное обучение, анализ данных и биоинформатику.

С 2018 года Олег участвует в организации семинаров по системной биологии, проводимых Институтом Биоинформатики совместно с университетом ИТМО и Университетом Вашингтона в г. Сент-Луис, США. С 2019 года преподает вычислительные методы анализа эпигенетических данных в магистратуре по биоинформатике системной биологии университета ИТМО. Регулярно в качестве лектора участвует в школах и семинарах по биоинформатике. Руководит научными работами студентов в Институте Биоинформатики, Высшей школе экономики и Computer Science центре.

Профессиональная активность

Публикации

SPAN and JBR: analysis and visualization toolkit for peak calling

Август 2021

Oleg Shpynov , Roman Chernyatchik, Petr Tsurinov, Maxim Artyomov

BCB '21: Proceedings of the 12th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, Article No.: 69, Pages 1

Подробнее

PubTrends: a scientific literature explorer

Август 2021

Oleg Shpynov, Kapralov Nikolai

BCB '21: Proceedings of the 12th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, Article No.: 72, Pages 1

Подробнее

FARM: hierarchical association rule mining and visualization method

Август 2021

Petr Tsurinov, Oleg Shpynov, Nina Lukashina, Daria Likholetova, Maxim Artyomov

BCB '21: Proceedings of the 12th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, Article No.: 70, Pages 1

Подробнее

Semi-supervised peak calling with SPAN and JBR Genome Browser

Май 2021

Oleg Shpynov, Aleksei Dievskii, Roman Chernyatchik, Petr Tsurinov, Maxim N Artyomov

Bioinformatics, btab376

Подробнее

Comprehensive Profiling of an Aging Immune System Reveals Clonal GZMK+ CD8+ T Cells as Conserved Hallmark of Inflammaging

Декабрь 2020

Denis A. Mogilenko, Oleg Shpynov, Prabhakar Sairam Andhey, Laura Arthur, Amanda Swain, Ekaterina Esaulova, Simone Brioschi, Irina Shchukina, Martina Kerndl, Monika Bambouskova, Zhangting Yao, Anwesha Laha, Konstantin Zaitsev, Samantha Burdess, Susan Gillfilan, Sheila A. Stewart, Marco Colonna, Maxim N.Artyomov

Immunity

Подробнее

Automatic generation of reviews of scientific papers

Декабрь 2020

Anna Nikiforovskaya, Nikolai Kapralov, Anna Vlasova, Oleg Shpynov, Aleksei Shpilman

ICMLA2020

Подробнее

Enhanced epigenetic profiling of classical human monocytes reveals a specific signature of healthy aging in the DNA methylome

Ноябрь 2020

Irina Shchukina, Juhi Bagaitkar, Oleg Shpynov, Ekaterina Loginicheva, Sofia Porter, Denis A. Mogilenko, Erica Wolin, Patrick Collins, German Demidov, Mykyta Artomov, Konstantin Zaitsev, Sviatoslav Sidorov, Christina Camell, Monika Bambouskova, Laura Arthur, Amanda Swain, Alexandra Panteleeva, Aleksei Dievskii, Evgeny Kurbatsky, Petr Tsurinov, Roman Chernyatchik, Vishwa Deep Dixit, Marko Jovanovic, Sheila A. Stewart, Mark J. Daly, Sergey Dmitriev, Eugene M. Oltz & Maxim N. Artyomov

Nature Aging

Подробнее

Epigenetic aging of classical monocytes from healthy individuals

Май 2020

Irina Shchukina, Juhi Bagaitkar, Oleg Shpynov, Ekaterina Loginicheva, Sofia Porter, Denis A. Mogilenko, Erica Wolin, Patrick Collins, German Demidov, Mykyta Artomov, Konstantin Zaitsev, Sviatoslav Sidorov, Christina Camell, Monika Bambouskova, Laura Arthur, Amanda Swain, Alexandra Panteleeva, Aleksei Dievskii, Evgeny Kurbatsky, Petr Tsurinov, Roman Chernyatchik, Vishwa Deep Dixit, Marko Jovanovic, Sheila A. Stewart, Mark J. Daly, Sergey Dmitriev, Eugene M. Oltz, Maxim N. Artyomov

bioRxiv preprint

Подробнее

Bioinformatics Institute 2018/19 project abstracts

Июнь 2019

O. Shpynov, A. Dievskii, P. Tsurinov, et al

Saint-Petersburg, ISBN 978-5-6043094-2-1

Подробнее

POSTER: Semi-supervised solution for robust peak calling of Low Input ChIP-Seq

Сентябрь 2018

Oleg Shpynov, Aleksei Dievskii, Roman Chernyatchik, Evgeny Kurbatsky, Petr Tsurinov and Maxim Artyomov

Proceedings of the 17th European conference on computational biology

Подробнее

POSTER: Semi-supervised solution for peak calling

Июль 2018

Oleg Shpynov, Aleksei Dievskii, Roman Chernyatchik, Evgeny Kurbatsky, Petr Tsurinov, Maxim N. Artyomov

Proceedings of Biata2018 Bioinformatics: from algorithms to applications

Подробнее

Bhlhe40 is an essential repressor of IL-10 during Mycobacterium tuberculosis infection

Май 2018

Jeremy P. Huynh, Chih-Chung Lin, Jacqueline M. Kimmey, Nicholas N. Jarjour, Elizabeth A. Schwarzkopf, Tara R. Bradstreet, Irina Shchukina, Oleg Shpynov, Casey T. Weaver, Reshma Taneja, Maxim N. Artyomov, Brian T. Edelson, Christina L. Stallings

Journal of Experimental Medicine

Подробнее

POSTER: Systems Level Characterization of the Epigenomic Changes During Healthy Aging in the Human Blood Monocyte

Октябрь 2016

Bagaitkar Juhi, Bambouskova Monica, Oltz Eugene, Porter Sofia, Collins Patrick, Shpynov Oleg, German Demidov, Konstantin Zaytsev

Подробнее