Исследовательская группа

BioLabs

Группа

Основными целями группы являются исследование механизмов эпигенетической регуляции у людей и других организмов, а также понимание роли этих механизмов в процессах дифференции и старения. Проекты группы охватывают следующие темы: эффективная обработка и анализ данных NGS (секвенирование нового поколения), масштабируемые вычислительные пайплайны, новые подходы к визуализации и мета-анализ существующих публичных баз данных по эпигенетике.

Группа входит в исследовательское подразделении компании JetBrains.

Контактное лицо: Олег Шпынов.

Исследования

Основной проект — совместный проект по исследования здорового старения с лабораторией Максима Артемова в университете Вашингтона в Сент-Луисе.

Старение неизбежный связано с изменениями как на уровне всего организма так и отдельных клеток. Исследование ставит целью полноценное описание и анализ изменений в различных типах клеток в процессе здорового старения. Для этого были изучены классические CD14+ CD16- моноциты собранные от двух когорт людей одного пола и расы: 20 молодых доноров (24-30 лет) и 20 более взрослых доноров (57-70 лет), здоровых, некурящих и с нормальным индексом массы тела. Мы тщательным образом исследовали и описали изменения в плазме крови с помощью анализа протеомики и метаболомики, РНК-секвенирования, метилирования ДНК (RRBS) а также модификации 5 основных типов гистонов (H3K27ac, H3K27me3, H3K36me3, H3K4me1, H3K4me3).

Сравнительное исследование такого масштаба еще никогда никем не проводилось в рамках исследования старения. В таких условия поиск пиков в сигнале модификаций гистонов представляется чрезвычайно трудной задачей, для успешного решения которой, группой был разработан новый полу-автоматический подход с применением машиннного обучения.

Проекты

  • SPAN Peak Analyzer - полуавтоматический анализ пиков
  • JBR Genome Browser - быстрый и надежный геномный браузер с функцией разметки и анализа пиков

Полный список доступен здесь.

Материалы

Journal Club - здесь находятся различные презентации с журнального клуба, конференций и различных выступлений.

Github

Github page - весь исходный код находится здесь.

Студенческая практика

Публикации