Исследовательская группа

BioLabs

Группа

Основными целями работы группы являются исследование механизмов эпигенетической регуляции у людей и других организмов, а также понимание роли этих механизмов в процессах дифференции и старения. Проекты группы охватывают следующие темы: эффективная обработка и анализ данных NGS (секвенирование нового поколения), масштабируемые вычислительные пайплайны, новые подходы к визуализации и мета-анализ существующих публичных баз данных по эпигенетике.

Группа входит в исследовательское подразделении компании JetBrains. Ведется активное сотрудничество с лабораторией Максима Артемова в университете Вашингтона в Сент-Луисе.

Исследования

Основной исследовательский проект — Aging project, который ведется совместно с лабораторией Артемова.

Старение - неизбежный биологический процесс, состоящий из множества физиологических и молекулярных измененений, которые проявляются с разной скоростью в организме. Было продемонстрировано, что старение связано с изменениями как на клеточном уровне, так и на уровне всего организма, включая модификации в метилировании ДНК (биомаркеры известные как "эпигенетические часы"), модификации гистонов, изменение профиля экспрессии генов, и т. д. Старение также связано с базальным уровнем воспаления, аутофагией и метаболическими изменениями. Все эти факторы известны как "маркеры старения".

Целью данного проекта является изучение и описание на системном уровне изменений между двумя группами людей: старых и молодых в разных тканях и типах клеток.

Наша группа занимается биоинформатическим анализом биологических данных, созданием вычислительных пайплайнов, включая разработку новых подходов и инструментов анализа данных NGS, а также исследованиями публичных данных.

Другие проекты

Описание доступно здесь.

Возможные темы для студентов

  • ChipQuery
  • GemlBee
  • GMQL
  • NEW Анализ трендов в публикациях о старении
  • NEW Применение глубинного обучения к эпигенетическим данным

Если вы заинтересовались темами, просим связаться с Олегом Шпыновым.

Материалы

Студенческая практика