JBR Genome Browser

Статус: Активный

Группой был разработан новый полуавтоматический подход для поиска пиков с применением машинного обучения.

Эффективный полуавтоматический инструмент SPAN Peak Analyzer способен обрабатывать как стандартные эксперименты ChIP-Seq, так и эксперименты с маленьким покрытием. В режиме обучения с учителем, пользователь размечает небольшое количество пиков, границ пиков и пустых мест на геноме - информация, которая используется в дальнейшем для обучения мета-параметров модели.

Основная сложность такого подхода - несовершенство методов создания ручной разметки генома, что зачастую приводит к путанице и некорректным результатам. Мы создали новый инструмент для визуализации данных, который кроме функциональности обычного геномного браузера, позволяет удобно размечать данные и получать результаты обучения. JBR Genome Browser позволяет загружать дорожки ChIP-Seq экспериментов и проводить поиск пиков на лету с использованием созданных аннотаций, которые могут быть отображены в той же сессии. Будучи инструментом полуавтоматического анализа, данный инструмент представляет собой геномный браузер следующего поколения. Он поддерживает работу с большими файлами и сессиями, а также позволяет визуализировать сразу наборы участков, с последующим анализом статистики.

Основный свойства:

  • Поддержка SPAN Semi-supervised Peak Analyzer
  • Поддержка распространенных геномных форматов WIG, BED, итд
  • Может открывать сессии IGV
  • Простая визулизация набора регионов
  • Поддержка треков статистик
  • Может быть запущен как приложение для компьютера, так и в виде web сервиса

Более подробная информация здесь.

Участники