Олег Шпынов

Биография

Олег руководит группой бионформатики в лаборатории JetBrains Research. Работает в лаборатории с 2013 года.

В 2008 году с отличием окончил математико-механический факультет СПбГУ. В 2008-2010 гг. обучался в аспирантуре СПбГУ на математико-механическом факультете, кафедре системного программирования. Прошел обучение в Институте Биоинформатики в 2012г. по направлению Молекулярная биология и Биоинформатика. В данный момент Олег работает над кандидатской диссертацией.

Ранее Олег принимал участие в разработке основных продуктов JetBrains, включая флагманский продукт IntellIJ IDEA, а также PyCharm. Создатель интегрированной среды разработки для языка Ruby - Rubymine. Занимался анализом исходного кода на языке программирования начиная с лексического анализа, заканчивая разработкой систем типов и различных семантических верификаций кода.

Научные интересы включают биоинформатику, машинное обучение и анализ данных.

Подробнее: LinkedIn.

Профессиональная деятельность

  • Speaker at Systems Biology Workshop by IFMO university, Bioinformatics Insitute and Washington University in St.Louis, 2019
  • Lectures on epigenetics data analysis for system biology masters program at IFMO university: https://research.jetbrains.org/news/epigenetics-data-analysis-tutorial, 2019
  • Semi-supervised solution for robust peak calling of Low Input ChIP-Seq, a poster at ECCB, 2018
  • Semi-supervised peak calling solution, a poster at Biata: The Second Annual Scientific Conference, from algorithms to applications, 2018
  • Machine Learning and Intelligence School, Microsoft Research, 2015
  • Yandex school of Data Analysis Conference, Yandex, 2014

Научное руководство

More than 10 projects including 2 master dissertations were successfully defended under Oleg's supervision.

Проекты

  • Автоматическое построение диаграмм Исикавы для эпигенетических данных
  • Основной исследовательский проект — Aging project, который ведется совместно с лабораторией Артемова.
  • Полуавтоматический инструмент для поиска пиков
  • JBR - многоцелевой геномный браузер, с возможностью поиска пиков, множественных позиций итд.
  • CMeth Завершен
    CMeth - это инструмент для сравнения и анализа данных полногеномного бисульфитного секвенирования
  • ChipQuery Завершен
    ChipQuery - поиск и анализ публичных баз данных по эпигенетике

Публикации

  • BioLabs Руководитель группы, Исследователь