Олег Шпынов

Биография

Олег руководит группой бионформатики в лаборатории JetBrains Research. Работает в лаборатории с 2013 года.

В 2008 году Олег с отличием окончил математико-механический факультет СПбГУ. В 2008-2010 гг. обучался в аспирантуре СПбГУ на математико-механическом факультете, кафедре системного программирования. Прошел обучение в Институте Биоинформатики в 2012г. по направлению Молекулярная биология и Биоинформатика. В данный момент Олег работает над кандидатской диссертацией.

Ранее Олег принимал участие в разработке основных продуктов JetBrains, включая флагманский продукт IntellIJ IDEA, PyCharm, а также IdeaVIM (плагин эмуляции vim, 6+млн загрузок). Создатель интегрированной среды разработки для языка Ruby - Rubymine. Занимался анализом исходного кода на языке программирования начиная с лексического анализа, заканчивая разработкой систем типов и различных семантических верификаций кода.

Научные интересы включают биоинформатику, машинное обучение и анализ данных.

Олег преподает "Бионформатические методы анализа эпигенома" в Инстутуте Биоинформатике, а также руководит научными работами студентов в Институте Биоинформатики и Computer Science центре.

Подробнее: LinkedIn.

Профессиональная деятельность

Научное руководство

More than 10 projects including 2 master dissertations were successfully defended under Oleg's supervision.

Проекты

  • Epigenetic changes in aging human monocytes - joint research project of Healthy Aging in collaboration with Maxim Artyomov’s laboratory at Washington University in St. Louis.
  • Automated Ishikawa Fishbone Diagram construction for epigenetics data
  • JBR - многоцелевой геномный браузер, с возможностью поиска пиков, множественных позиций итд.
  • Полуавтоматический инструмент для поиска пиков
  • Pubtrends is a new scientific publications analysis service. Service is available at http://bit.ly/pubtrends
  • CMeth Завершен
    CMeth - это инструмент для сравнения и анализа данных полногеномного бисульфитного секвенирования
  • ChipQuery Завершен
    ChipQuery - поиск и анализ публичных баз данных по эпигенетике

Публикации

  • O. Shpynov, A. Dievskii, P. Tsurinov, et al
    Bioinformatics Institute 2018/19 project abstracts
    Saint-Petersburg, ISBN 978-5-6043094-2-1, 2019
  • Jeremy P. Huynh, Chih-Chung Lin, Jacqueline M. Kimmey, Nicholas N. Jarjour, Elizabeth A. Schwarzkopf, Tara R. Bradstreet, Irina Shchukina, Oleg Shpynov, Casey T. Weaver, Reshma Taneja, Maxim N. Artyomov, Brian T. Edelson, Christina L. Stallings
    Journal of Experimental Medicine, Май 2018
  • BioLabs Руководитель группы, Исследователь