Олег Шпынов

Биография

Олег руководит группой бионформатики в лаборатории JetBrains Research. Работает в лаборатории с 2013 года.

В 2008 году Олег с отличием окончил математико-механический факультет СПбГУ. В 2008-2010 гг. обучался в аспирантуре СПбГУ на математико-механическом факультете, кафедре системного программирования. Прошел обучение в Институте Биоинформатики в 2012г. по направлению Молекулярная биология и Биоинформатика. В данный момент Олег работает над кандидатской диссертацией.

Ранее Олег принимал участие в разработке основных продуктов JetBrains, включая флагманский продукт IntellIJ IDEA, PyCharm, а также IdeaVIM (плагин эмуляции vim, 7+млн загрузок). Создатель интегрированной среды разработки для языка Ruby - Rubymine. Занимался анализом исходного кода на языке программирования начиная с лексического анализа, заканчивая разработкой систем типов и различных семантических верификаций кода.

Научные интересы включают биоинформатику, машинное обучение и анализ данных.

Олег преподает "Бионформатические методы анализа эпигенома" в Инстутуте Биоинформатике, а также руководит научными работами студентов в Институте Биоинформатики, Высшей школе экономики и Computer Science центре.

Профессиональная деятельность

Научное руководство

More than 10 projects including 2 master dissertations were successfully defended under Oleg's supervision.

Проекты

  • Epigenetic changes in aging human monocytes - joint research project of Healthy Aging in collaboration with Maxim Artyomov’s laboratory at Washington University in St. Louis.
  • Полуавтоматический инструмент для поиска пиков
  • JBR - многоцелевой геномный браузер, с возможностью поиска пиков, множественных позиций итд.
  • SPAN Peak Analyzer and JBR Genome Browser can be used separately as general-purpose peak caller and genome browser, respectively. However, together, they can serve as a complete solution for peak calling. The semi-supervised peak calling approach is capable of improving peaks consistency in datasets with different signal-to-noise ratio, as well as obtaining the best peak calling results for individual samples.
  • Automated Ishikawa Fishbone Diagram construction for epigenetics data
  • Pubtrends is a new scientific publications analysis service. http://bit.ly/pubtrends
  • CMeth Завершен
    CMeth - это инструмент для сравнения и анализа данных полногеномного бисульфитного секвенирования

Публикации

  • Irina Shchukina, Juhi Bagaitkar, Oleg Shpynov, Ekaterina Loginicheva, Sofia Porter, Denis A. Mogilenko, Erica Wolin, Patrick Collins, German Demidov, Mykyta Artomov, Konstantin Zaitsev, Sviatoslav Sidorov, Christina Camell, Monika Bambouskova, Laura Arthur, Amanda Swain, Alexandra Panteleeva, Aleksei Dievskii, Evgeny Kurbatsky, Petr Tsurinov, Roman Chernyatchik, Vishwa Deep Dixit, Marko Jovanovic, Sheila A. Stewart, Mark J. Daly, Sergey Dmitriev, Eugene M. Oltz, Maxim N. Artyomov
    bioRxiv preprint, Май 2020
  • O. Shpynov, A. Dievskii, P. Tsurinov, et al
    Saint-Petersburg, ISBN 978-5-6043094-2-1, 2019
  • Jeremy P. Huynh, Chih-Chung Lin, Jacqueline M. Kimmey, Nicholas N. Jarjour, Elizabeth A. Schwarzkopf, Tara R. Bradstreet, Irina Shchukina, Oleg Shpynov, Casey T. Weaver, Reshma Taneja, Maxim N. Artyomov, Brian T. Edelson, Christina L. Stallings
    Journal of Experimental Medicine, Май 2018
  • BioLabs Руководитель группы, исследователь