BioLabs

BioLabs 小组的目标是揭示人类和动物表观遗传调控的机制，并确定这些机制在细胞分化和衰老中的作用。我们正在为实验数据分析开发新的算法和方法，建立可扩展的计算管道和工具，并与生物学家合作开展各种老化研究。

研究项目

• 老化人类单核细胞的表观遗传变化 – 致力于研究人类健康老化的联合研究项目，与 Maxim Artyomov 在 圣路易斯华盛顿大学 的实验室合作。该小组创建了生物信息学管道，并为表观遗传学数据分析开发了新的算法和方法。
• 免疫系统老化 – 本项目研究小鼠和人体免疫系统的老化，应用单细胞方法对细胞群的发展进行综合表征。
• 对人类健康老化的纵向分析 – 该项目涉及对人类健康老化的研究，旨在从纵向多层组学数据中找到主要的老化驱动因素。

工具

• SPAN 峰值分析器 – 是一种半监督的多用途峰值调用器，能够处理广泛的 ChIP-seq、ATAC-seq 和单细胞 ATAC-seq 数据集，通过利用有限的人工注释信息稳健地处理多个复制和噪声。
• JBR 基因组浏览器 – 是一款快速可靠的下一代基因组浏览器，具有查看大型会话、半监督峰值和注释功能的增强功能。它与SPAN峰值分析器集成在一起。
• SnakeCharm – Snakemake 工作流管理系统支持 IntelliJ 平台 IDE 的插件，增加了语法高亮、代码完成、即时代码验证以及与 Snakemake 生态系统的高级集成。
• Pubtrends –是一款能够分析研究领域知识结构或类似论文分析的科学出版物探索工具。我们应用文献计量学方法获取引文信息，应用自然语言处理算法进行文本分析。该服务允许用户查找被引用最多的论文，探索主题，可视化引文和论文相似度图，并自动生成文献评论。

源码

所有的源代码都可以在 GitHub上获得。

Student Internship

• 2020年，Simon Tsirikov 和 Artem Davletov，SnakeCharm 插件代码分析改进 “第一部分”, “第二部分”
• 2020 年，Anna Nikiforovskay，学士论文 “生物医学论文的提取总结”
• 2019 年，Anna Vlasova， “出版物分析服务的评论生成”
• 2019 年，Daria Chaplygina， “Noisy peak calling 2”
• 2019 年，Daria Likholetova 和 Nina Lukashina， “ARM 使用鱼骨图”
• 2019 年， Anna Vlasova 和 Nikolai Kapralov, “出版物分析”
• 2019 年，Daria Sharkova 和 Nikita Nazarov，“Snakecharm 插件”
• 2019 年， Elena Kartysheva， “SPAN 模型改进”
• 2019 年，Vladislav Kalinin，硕士论文 “用于访问托管在 GEO 和 Chip-Atlas 中的人类 Chip-Seq 数据的网络服务器”
• 2019 年， Darya Sharkova，“SnakeCharm 插件代码洞察力改进”
• 2019 年， Alexander Petrovsky， Dmitry Belikov, “检测给定生物组的独特共享基因组序列”
• 2019 年， Elena Kartysheva， “用广义线性回归改进 SPAN 数据模型”
• 2019 年， Daria Likholetova，Nina Lukashina，“使用鱼骨图对基因组区域进行关联规则挖掘”
• 2019 年，Daria Chaplygina， “Noisy peak calling”
• 2019 年，Daria Balashova， “ChIPSeq 救援失败与神经网络”
• 2018 年， Nikolai Kapralov， “出版物分析服务”
• 2017 年，Eugene Bakin， “ChipQuery - Chipseq 数据比较”
• 2016 年， Sergey Chernov， “差分 ChIP-seq 分析工具的综合比较”
• 2016 年，Dmitriy Groshev， “比较亚硫酸盐定序数据”
• 2015 年， Anna Atamanova， “对随机大小的基因组位点的分仓数据进行泛化”
• 2014 年，Sergei Lebedev，硕士论文 “亚硫酸盐定序数据建模”
• 2013 年，Alexey Dievsky，硕士论文 “ChIP-seq 数据的差异建模”